疱瘡(ほうそう)とは天然痘のことで、昔は死に至る病として恐れられてました。
この疱瘡神社は、疱瘡で亡くなった平清盛の側室 常盤御前の娘が埋葬された地に建てられたとの言い伝えが残っています。
父平清盛と母常盤御前の愛娘はとても可愛らしく「天女姫」と呼ばれていましたが、幼い時から病気になることが多く、年頃になると不治の病として恐れられていた疱瘡(天然痘)にかかってしまいました。父清盛は何としても姫の病を治そうと、日本中の医者を集めましたが効果がなく、この上は神にすがるしかないと、ことのほか信仰をしていた嚴島神社に京の都から船で姫を連れてきました。
宮島中の神仏のすべてに祈願を済ませ帰路に就こうとしたところ、姫の病気はますます重くなり、色々手を尽くしたものの、皆の願いもむなしく、遂に亡くなってしまいました。この時、姫はわずか14歳でした。
その亡骸を埋葬する場所を神に伺い、お告げのあった場所に亡骸を葬り、疱瘡神社を建てたと言われています。